女性一旦确诊为生殖器结核，无论病情轻重，都应积极治疗。特别是对于轻度患者，很难确定病灶是静止的还是治愈的。为了防止今后一旦患者免疫功能下降，病情发展，即使没有明显症状，也要说服患者接受治疗。
目前生殖器结核治疗，包括一般治疗，抗结核药物治疗及手术治疗。
一、支持疗法：患者需要加强营养，如果患者在急性活动期出现发热、盆腔肿块、血沉增高等问题，应多卧床休息。
二、抗痨疗法：两种抗结核药物联合应用效果较好，如链霉素、异烟肼使用6个月至1年，然后停用链霉素，异烟肼、对氨基水杨酸钠使用4至6个月，然后异烟肼使用6个月，总疗程约2年。如果患者病情严重，可以将这三种药物合用；如果患者病情稳定，可以口服异烟肼一年。
三、手术疗法：如果患者出现药物疗效不佳或盆腔肿块持续存在的情况，可以手术切除附件和子宫。为提高疗效，术后抗结核治疗应持续半年以上。
四、中药治疗：中药以扶正为原则，辩证诊治，配合抗痨治疗。
生殖器结核和其他器官结核一样是一种慢性消耗性疾病。机体的免疫功能对控制疾病的发展、促进病变的愈合和预防药物治疗后的复发具有重要作用。因此，急性期患者至少需要卧床3个月。疾病被抑制后，我们可以进行温和的活动，但也要注意休息，增加营养和富含维生素的食物，晚上要有充足的睡眠，并且要快乐。特别是对不孕妇女，要给予安慰和鼓励，解除思想顾虑，以利于全身健康的恢复。
由于生殖器结核患者相对较少，很难开展良好的临床对照试验，因此治疗方案都是从肺结核的治疗经验出发，结合患者实际情况进行制定的。
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