非淋菌性尿道炎的治疗药物有很多种，乙酰螺旋霉素片、土霉素片、阿奇霉素片、阿奇霉素干混悬剂等都是常用的要求，其中新一代合成的喹诺酮类抗菌药效果更好。这类药物不仅对支原体、衣原体有很好的消灭效，对淋球菌也能够产生高度敏感。患者需要根据自己的实际情况选择合适的药物进行治疗。
非淋菌性尿道炎主要是由支原体或衣原体感染所造成的。一般情况下可以是要利福平、磺胺等药物针对衣原体感染的情况进行治疗。患者可以使用新霉素、壮观霉素等药物针对支原体感染进行治疗。
中医治疗非淋菌性尿道炎的药物应该以利湿通淋、清热解毒为主，辅以活血化瘀，补肾固本，扶正祛邪等提高机体免疫力的药物，如选用银花泌炎灵片等。患者需要根据自己的情况，在医生的指导下进行用药。
患者在进行非淋菌性尿道炎的时候是有由于每个人的病症，使用药物，治疗的时间不同，需要的费用也是不同的。由于患者还可能存在耐药性差异，导致治疗期间需要使用多种药物，因此治疗费用也存在一定的差异。有些患者可能会花费减少，并且一些患者可以花费数千个费用无法治愈。治疗非淋菌性尿道炎通常需要几百元到一千元。如果患者选择的是专家门诊，费用就会高一些。
患者在出现非淋菌性尿道炎之后，一定要及时地进行治疗，否则可能会对身体造成很大的伤害。男性在出现非淋菌性尿道炎如果没有及时的治疗，可能会导致精囊腺炎、附睾结节、输卵管梗阻、睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精子数量质量都降低、阳痿、早泄等并发症，这些疾病会给男性的健康造成很大的危害，严重的还会导致不孕不育的问题。
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